Po uratowaniu wszystkich smoków uwięzionych w Imperium ninja wyruszają na misję odnalezienia trzech Smoczych Rdzeni – artefaktów, które są w stanie powstrzymać Fuzjowstrząsy. Cesarzowej Beatrix, władczyni Imperium, udaje się przechwycić rdzenie i użyć ich do stworzenia broni, która pozwoli jej zniszczyć ninja raz na zawsze.
Sezon 2 W głębi Wyldness Ras i Jordana pobudzają do życia starożytny Klan Wilka i wskrzeszają mroczną i zakazaną sztukę walki – Strzaskobrót. W międzyczasie Lloyd zaczyna miewać wizje o Krwawym Księżycu. Poszukując pomocy u Smoków Źródła, on i jego drużyna docierają do Egalta i Rontu, smoczych mistrzów, którzy uczą ninja techniki Wstającego Smoka zdolnej do przeciwstawienia się Strzaskobrotowi. Ras planuje przeprowadzić Rytuał Krwawego Księżyca i uwolnić Zakazaną Piątkę, złych starożytnych Mistrzów Żywiołów.
Ninja biorą udział w Turnieju Źródeł, gdyż podejrzewają, że wydarzenie może mieć związek z kradzieżami smoczych koron Arcysmoków.