Uzgodniono więc, że tylko „Victoria” odpłynie do Hiszpanii, natomiast „Trinidad” zostanie na miejscu do czasu ukończenia wymaganych napraw.
6 kwietnia 1522 roku, gdy „Trinidad” został naprawiony, opuścił wyspę Tidore z ładunkiem 50 tunów goździków i załogą liczącą 54 marynarzy. Dowódcą został Gonzalo Gomez de Espinosa. Według Bergreena był to "dobry żołnierz, ale kiepski żeglarz". Obrał kurs w kierunku Panamy. W sierpniu „Trinidad” zawinął do jednej z wysp archipelagu Marianów, gdzie trzech mężczyzn zdezerterowało (Gonzalo de Vigo, Martín Genovés, Alonso Gonzáles), następnie statek skierował się na północny wschód i osiągnął 43° szerokości geograficznej północnej. Wciąż wiały przeciwne wiatry, członkowie załogi ciężko chorowali, prowiant zaczął się kończyć, a w dodatku statek napotkał silny sztorm i uległ poważnemu uszkodzeniu (m.in. złamał się główny maszt). W tej sytuacji po pięciu miesiącach od wypłynięcia z Tidore dowódca kazał zawrócić i w dwa miesiące później statek rzucił kotwicę u brzegów wyspy Dui na północ od Halmahery w archipelagu Moluków. Załoga liczyła już tylko dwadzieścia osób, gdyż większość zmarła na szkorbut lub inne choroby.