Władca Cebu zaoferował mu pomoc w postaci około tysiąca wojowników, jednakże Magellan odmówił, chcąc w sile własnych ludzi zademonstrować swoją potęgę. 21 kwietnia statki hiszpańskie udały się w kierunku cieśniny pomiędzy wyspami Cebu a Mactan.
27 kwietnia 1521 roku rozegrała się potyczka z ludźmi Lapu-Lapu, podczas której Magellan poniósł śmierć wraz z częścią swych towarzyszy. Antonio Pigafetta, bogaty i żądny wrażeń obieżyświat, który zapłacił za możność uczestnictwa w wyprawie Magellana, jedyna osoba, która pozostała przy życiu i mogła opowiedzieć o jego śmierci, napisał:
27 kwietnia, po śmierci Magellana kapitanem nad całą flotyllą został Duarte Barbosa, szwagier Magellana. Cieszył się on tą godnością zaledwie trzy dni. Zginął podczas masakry 1 maja 1521 roku. Następnym kapitanem został João Carvalho.
Opłynięcie świata Magellan zawarł w swojej ostatniej woli, że jego malajski tłumacz zostanie po jego śmierci wolnym człowiekiem, ponadto miano mu wypłacić 10 000 maravidów. Tłumacz, który został ochrzczony jako Enrique w Malakce, w 1511 roku, a został porwany przez sumatrzańskich handlarzy niewolników ze swojej rodzinnej wyspy.