11 lipca 1943 roku do Zabołotców przybył oddział UPA wraz ze zmobilizowaną ludnością ukraińską i przystąpił do mordowania Polaków. Atak UPA na Zabołotce był częścią szeroko zakrojonej akcji eksterminacyjnej w powiecie włodzimierskim rozpoczętej 11 lipca 1943 roku w godzinach nocnych. Zaatakowano m.in. Gurów, Wygrankę, Żdżary, Zabołotce, Sądową, Nowiny, Zagaje, Poryck, Oleń, Orzeszyn, Romanówkę, Lachów, Gucin i inne miejscowości zamieszkane przez Polaków.
Część Polaków dopadnięto na porannej mszy świętej w miejscowym kościele parafialnym pw. Św. Trójcy. Zginęli oni wraz z księdzem proboszczem Józefem Aleksandrowiczem; według Siemaszków kilka osób uczestniczących we mszy zdołało uciec. Ciała księdza nigdy nie odnaleziono.
Według Siemaszków przebieg wypadków w Zabołotcach był taki sam jak w innych pobliskich miejscowościach napadniętych przez UPA.
Tego dnia w Zabołotcach zamordowano 76 osób. Po zbrodni domy polskie oraz kościół zostały ograbione, a plebanię spalono. W późniejszych latach kościół zburzono całkowicie.