Podczas okupacji niemieckiej w trakcie II wojny światowej znalazł się w getcie warszawskim. W getcie Motyl zajmował się przemytem i szmuglem. W trakcie wielkiej akcji deportacyjnej w getcie warszawskim z lata 1942 roku, uniknął wraz z żoną deportacji do obozu zagłady w Treblince, dzięki zatrudnieniu w tzw. szopie szczotkarzy. Mimo podejmowanych starań Motylowi nie udało się jednak ocalić córki Lidii, która została wykryta w kryjówce przy ul. Miłej 52 i zamordowana. Po zakończeniu wielkiej akcji deportacyjnej, Motyl powrócił do działalności szmuglerskiej, a dzięki kontaktom po tzw. aryjskiej stronie zdołał ukryć tam swoją żonę.
Niespodziewanie 19 kwietnia 1943 w wigilię żydowskiego święta Pesach, Motyla odwiedziła w getcie żona i wtedy też zastał ich oboje wybuch powstania w getcie warszawskim. Motylowie ukrywali się wówczas w bunkrach szczotkarzy, a po wykryciu zostali wyprowadzeni na Umschlagplatz i trafili do transportu na Majdanek, z którego jednak zdołali zbiec i powrócić do Warszawy. Za namową znajomego, krótko później zgłosili się do Hotelu Polskiego, gdzie pozyskali tzw. certyfikat palestyński. W ramach tzw. sprawy Hotelu Polskiego trafili do transportu, do obozu koncentracyjnego Bergen-Belsen.