W 1997 dyrektorem Departamentu Kontroli MON był gen. bryg. Zdzisław Wijas (1997–2001), zastępcą gen. bryg. Marian Mainda, potem gen.bryg. Jerzy Baranowski.
Lata 2000–2021 W lutym 2001 nastąpiły zmiany w strukturze organizacyjnej Departamentu Kontroli. Z dniem 17 grudnia 2001 minister obrony narodowej Jerzy Szmajdziński na dyrektora Departamentu Kontroli wyznaczył gen. dyw. Piotra Makarewicza (2001–2006), na zastępcę płka dypl. Janusza Paczkowskiego, po nim gen. bryg. Mariana Kolczyńskiego.
W latach 2006–2012 na stanowisku dyrektora Departamentu Kontroli byli: cz.p.o. gen. bryg. Marian Kolczyński (2006); gen. dyw. Andrzej Baran (2006–2009), który po przejściu w stan spoczynku został w 2009 ponownie wyznaczony przez ministra obrony narodowej Bogdana Klicha na stanowisko dyrektora Departamentu Kontroli (2009–2012). W czerwcu 2012 dyrektorem Departamentu Kontroli został gen. bryg. Sławomir Szczepaniak, którego na to stanowisko wyznaczył minister obrony narodowej Tomasz Siemoniak, a w październiku 2012 mianował dyrektorem gen. bryg. Grzegorza Dudę (2012–2014). W 2014 minister obrony narodowej Tomasz Siemoniak nominował na stanowisko dyrektora Departamentu Kontroli gen. broni w st. spocz. Zbigniewa Głowienkę (2014–2016). Kolejnymi dyrektorami byli: Krzysztof Szulc (2016–2018); Robert Fekete (2018–obecnie).