gen. dyw. Stanisław Fryń (1988–1990).
Lata 90. XX wieku W roku 1990, w ramach restrukturyzacji Sił Zbrojnych, dokonano szeregu zmian w organach kontroli na mocy decyzji ministra obrony narodowej gen. armii Floriana Siwickiego oraz Zarządzenia szefa Sztabu Generalnego WP gen. broni Józefa Użyckiego. Szefem Głównej Kontroli Wojskowej w 1990 został gen. dyw. Jan Wojtala (1990–1993). Główna Kontrola Wojskowa prowadziła swoją działalność do 1993, gdzie w organach kontroli wojskowej zapoczątkowany został od 1990 kolejny etap zmian, w ramach przeformowywania Ministerstwa Obrony Narodowej z centralnego organu dowodzenia i administrowania Siłami Zbrojnymi w urząd administracyjnego kierowania resortem ON i Siłami Zbrojnymi.
Departament Głównej Kontroli 1 kwietnia 1993 na podstawie zarządzenia MON z października 1992 został utworzony Departament Głównej Kontroli MON na bazie Głównej Kontroli Wojskowej, z zadaniami w zakresie planowania, koordynacji i prowadzenia kontroli działalności gospodarczej, finansowej i skarbowej w resorcie MON (z komórkami jednostek organizacyjnych działów kontroli kompleksowych, problemowych i gospodarczo-finansowych). Natomiast na bazie Inspekcji Sił Zbrojnych w Sztabie Generalnym WP powstał Zespół Inspekcji . 1 lipca 1990 powołane zostały Delegatury Głównej Kontroli Wojskowej.