W 1987 roku na czele klubu jako prezes stanął związany z regionem przedsiębiorca Sergio Torres. Z rządami rodziny Torres wiąże się złota era w historii Firpo (1988–1999), podczas której zespół zdobył sześć mistrzostw Salwadoru, pięć wicemistrzostw Salwadoru oraz dotarł do finału kontynentalnych rozgrywek Pucharu Zdobywców Pucharów CONCACAF. W latach 1990–1991 ustanowił rekord meczów z rzędu bez porażki (41) jakiegokolwiek salwadorskiego klubu.
W 2014 roku Firpo po 42 latach nieprzerwanej gry w najwyższej klasie rozgrywkowej spadł do drugiej ligi salwadorskiej. Do pierwszej ligi powrócił w 2016 roku po wykupieniu licencji klubu Juventud Independiente. Występował w niej w latach 2016–2019, a następnie trapiony problemami finansowymi znów zanotował relegację do drugiej ligi. W 2020 wrócił do Primera División, tym razem na licencji CD Audaz (do tej pory użyczanej drużynie Independiente FC).
Rozgrywki międzynarodowe Sezon Rozgrywki Runda Klub Dom Wyjazd Ogólnie 1989 Puchar Mistrzów CONCACAF R1 Cartaginés 0:1 3. miejsce Aurora 1:1 Real España 0:0 1990 Puchar Mistrzów CONCACAF R1 Tauro 1:1 3:0 4:1 R2 Alianza 1:0 0:0 1:0 R3 Real España 3:0 1:1 2.