Pierwsze osobniki tego rodzaju odkryto w żywicy wypełniającej zranione tkanki drzew, ale prototeki prawie nie infekują soku roślinnego, a ich rola patogenna ogranicza się do oportunistycznego rozwoju wśród chorobotwórczych bakterii. Pasożytują natomiast w tkankach kręgowców. Choroby powodowane przez prototeki nazywane są prototekozami. Jedną z najczęstszych prototekoz jest rodzaj zapalenia wymienia. U ludzi do rozwoju choroby najczęściej dochodzi po zakażeniu rany. W jednym z badań obejmujących wody powierzchniowe i gleby w Polsce występowanie prototek stwierdzono w 14,1% prób.
Systematyka Osobniki tego rodzaju po raz pierwszy zidentyfikował Friedrich Wilhelm Zopf, badając sok z lipy pozyskany przez Juliusa Kühna. Ostatecznie nowy rodzaj opisał Wilhelm Krüger, analizując kulturę tego mikroorganizmu. Gatunkiem typowym jest Prototheca zopfii Krüger 1894, przy czym jest to lektotyp wybrany ze względu na lepsze zbadanie spośród dwóch gatunków opisanych przez Krügera. Nazwa prototheca ma źródło greckie, oznaczając prymitywne pudło.