Głównymi zadaniami marynarki na wodach Nigerii stało się zwalczanie piractwa, przemytu i ochrona rybołówstwa.

Pomimo zakupu nowych okrętów, już jednak od początku lat 80. marynarka zaczęła cierpieć z powodu chronicznego braku funduszy, co razem z brakami w wyszkoleniu i dbałości o sprzęt powodowało trudność z utrzymaniem okrętów we właściwym stanie oraz ich awarie. Część stosunkowo nowych okrętów szybko utraciła status operacyjny i były remontowane po dłuższym czasie lub wcale. W połowie lat 80. wycofano z tych przyczyn fregatę „Obuma” (ex „Nigeria”) i korwetę „Otobo”, a korweta „Dorina” zatonęła w porcie. Jedynymi nowymi okrętami, które doszły pod koniec lat 80, były dwa zbudowane we Włoszech niszczyciele min. Na początku lat 90. sprawne okręty nigeryjskie brały udział w misji wojskowej organizacji państw afrykańskich monitorującej wojnę domową w Liberii.

Po okresie stagnacji, w toku którego jedynie część z posiadanych okrętów była operacyjna, sytuacja zaczęła się poprawiać dopiero na początku XXI wieku. Możliwości patrolowania strefy ekonomicznej przywróciły cztery przejęte z amerykańskiej Straży Wybrzeża w latach 2002-03 stawiacze boi, używane jako okręty patrolowe.