We wrześniu 1992 roku Stocznia „Ustka” SA. została zakwalifikowana przez rząd do grupy przedsiębiorstw biorących udział w powszechnej prywatyzacji. W celu uzdrowienia sytuacji gospodarczej Stoczni „Ustka”, podjęto w czerwcu 1993 roku wdrażanie bankowego postępowania ugodowego. Pod koniec 1993 roku ze względu na nieudaną sprzedaż terenu firmie z Francji zarząd stoczni zgłosił wniosek o upadłość do Sądu Rejonowego. 20 grudnia 1993 roku Zarząd postanowił jednak wstrzymać proces upadłościowy. Kierownictwo zakładu w lutym 1994 roku złożyło wniosek do Banku PKO BP w Słupsku o wszczęcie postępowania ugodowego, na które bank wyraził zgodę. Pod koniec 1993 roku udziałowcem stoczni Ustka, została Stocznia Szczecińska posiadając większościowy pakiet akcji.
Od roku 1999 kondycja finansowa zakładu była bardzo zła. Wpływ na to miał zawarty w połowie tego roku kontrakt z Wietnamem, dotyczący sprzedaży 40 łodzi rybackich.