Przykłady zastosowań mały|250x250px|Las jest supiskiem roślin o różnych cechach. Niektóre drzewa charakteryzuje znaczny przyrost na wysokość, inne gatunki przeznaczają więcej energii na produkcję gęstych koron z dużą powierzchnią fotosyntetyzującą, jeszcze inne tolerują słabsze warunki oświetleniowe i będą zajmować najniższe piętra lasu. Uwzględnienie tych czynników w modelu agentowym pozwala na przewidzenie struktury populacji drzew po upływie wielu lat. Znajduje to zastosowanie w badaniach nad bioróżnorodnością oraz tworzeniem nowych nisz, np. na terenach zniszczonych przez człowieka. W ekologii, obiekty w ABM zazwyczaj należą do jednej kategorii, np. tego samego taksonu modelowanych zwierząt czy roślin, oraz posiadają te same rodzaje cech i zachowań, jednak z uwzględnieniem indywidualnej wariancji pomiędzy nimi. Przykładowo, za pomocą ABM można wymodelować wzrost lasu, w którym każdy agent (w tym przypadku drzewo) opisany jest tymi samymi parametrami (wysokość, całkowita powierzchnia liści, objętość korony), ale poprzez zaimplementowanie różnego tempa zmian dla każdego z parametrów oraz przyjęcia innych wartości początkowych dla każdego osobnika, uzyskujemy znaczne różnice we wzroście końcowym. W tym modelu każdy agent konkuruje z sąsiednimi jednostkami o dostęp do światła.