W dniu, w którym wybuchło powstanie, Hildegarda przewiozła na Wolę granaty, a następnie pod niemieckim ostrzałem przeszła na Stare Miasto, gdzie przebywała do 2 września. Po kapitulacji Starówki została wywieziona transportem niemieckim z Warszawy przez Skierniewice do Rozprzy, a tam zbiegła z transportu. Następnie pojechała do Borowca znajdującego się pod Końskimi w którym brat jej męża Michał był delegatem powiatowym Delegatury Rządu RP na Kraj. Pełniła tam funkcję łączniczki w bazie „Rybitwa-Rolnik” Okręgu Radomsko-Kieleckim AK. Znała osobiście jego komendanta płk. Jana Zientarskiego „Mieczysława” oraz Antoniego Hedę „Szarego”.
2 lutego 1945 wróciła do Warszawy, gdzie od maja była zatrudniona na stanowisku podreferendarza w Wydziale Martyrologii Ministerstwa Kultury i Sztuki. Do jej obowiązków należało przyjmowanie osób wracających z niemieckich obozów koncentracyjnych. Opracowywała ich zeznania, odszukiwała i inwentaryzowała miejsca kaźni, które znajdowały się w Warszawie, m.in. przy al. Szucha. Uporządkowała pokój przesłuchań na Pawiaku, a także pomogła w założeniu Muzeum w Oświęcimiu, według własnych zeznań przekazała również ministerstwu część posiadanej prasy podziemnej z czasów okupacji. Dnia 1 lipca 1946 na własną prośbę została zwolniona z MKiS z powodów zdrowotnych.