Historia Swayambhu jest jednym z najstarszych miejsc kultu religijnego w Nepalu. Według Gopālarājavaṃśāvalī została założona przez pradziadka króla Mānadevy (464–505 n.e.), Vṛsadevę, około początku V wieku n.e. Zdaje się to potwierdzać znaleziona tam uszkodzona kamienna inskrypcja. Mówi, że król Vrsadeva nakazał rozpoczęcie prac w roku 640. Niemniej, podobno cesarz Ashoka odwiedził to miejsce w III wieku p.n.e. i zbudował na wzgórzu świątynię, która została później zniszczona.
Chociaż kompleks nazywa się buddyjskim, czczą go też hinduiści. Wiadomo, że hołd świątyni złożyło wielu hinduskich monarchów, w tym Pratap Malla, król Katmandu, który zlecił też w XVII w. budowę schodów prowadzących na świątynny plac od wschoduLonely Planet Nepal (2005). Swayambhu..
Stupa przeszła gruntowny remont, trwający od czerwca 2008 do maja 2010 r. Była to pierwsza poważna renowacja od roku 1921Shakya, Hem Raj. (2002) Sri Svayambhu Mahacaitya. Kathmandu: Svayambhu Vikash Mandala. . i piętnasta w ciągu prawie 1500 lat od jej zbudowania. Złocone elementy położono na nowo, zużywając 20 kg kruszcu. Całość finansowało Tibetan Nyingma Meditation Center z Kalifornii.