– W ciągu 25 lat pracy kolejno w Wyższej Szkole Pedagogicznej w Częstochowie, Akademii im. Jana Długosza w Częstochowie i Uniwersytecie Humanistyczno-Przyrodniczym im. Jana Długosza w Częstochowie 8-krotnie został nagrodzony Nagrodą Indywidualną I Stopnia JM Rektora Uczelni, 1 raz Nagrodą II Stopnia JM Rektora Uczelni i 1 raz Nagrodą Zespołową II Stopnia JM Rektora Uczelni.
– 22 lutego 2024 roku Wołyński Uniwersytet Narodowy im. Łesi Ukrainki w Łucku zdecydował o nadaniu prof. dr. hab. Januszowi Kapuśniakowi tytułu Doktora Honoris Causa. Wyróżnienie zostało przyznane za zasługi w procesie umiędzynarodawiania ukraińskiej Uczelni i stymulacji rozwijania jej kontaktów z innymi ośrodkami akademickimi z Europy. Uroczyste wręczenie odbyło się podczas posiedzenia Senatu Uniwersytetu Jana Długosza w Częstochowie (29 maja 2024 roku). Dyplom wręczył JM Rektor Uniwersytetu Wołyńskiego prof. dr hab. Anatoli Tsos.
Członkostwo w organizacjach i towarzystwach naukowych – członek organizacji Sigma Xi, The Scientific Research Honor Society – od 2006 r.
– członek Polskiego Towarzystwa Technologów Żywności. Oddział Małopolski:
1. członek Zarządu Sekcji Technologii Węglowodanów,
2. członek Sądu Koleżeńskiego – kadencja 2018-2021,
3. członek Głównej Komisji Rewizyjnej – kadencja 2022-2025,