Już w pierwszym roku, 1990, naukę w szkole rozpoczęło prawie 700 uczniów w klasach I–VI, w 25 oddziałachZ życia miast i gmin. Braniewo [w:] IKT. Ilustrowany Kurier Terenowy, nr 1, 1–15 października 1990. Od 1 września 1999 do 31 sierpnia 2019 roku w jednym z budynków budynku szkoły, ul. Moniuszki 22d, funkcjonowało Gimnazjum nr 2 w Braniewie.
Uczniowie Osiedla Wojskowego, znajdującego się po drugiej stronie torów, często przekraczali linię kolejową wprost przez torowisko, gdyż najbliższy przejazd strzeżony znajdował się przy ul. Stefczyka, a to wiązało się z nadkładaniem drogi (strzeżony był ten przejazd do 2001 rokuBraniewo. Ciężarówka zderzyła się z pociągiem. Przewidzieliśmy ten wypadek [w:] Gazeta Olsztyńska. Dziennik Elbląski, 15 listopada 2001, s. 3). To zmobilizowało władze miasta do wyasygnowania funduszy, aby stworzyć tu bezpieczne przejście. Po trzech latach, w 1992, udało się sfinalizować projekt budowy, położonej tuż przy szkole, kładki pieszej nad toramiBraniewo. Inwestycje budowlane. Pracowita dekada [w:] Dziennik Elbląski, 7 czerwca 2000, dodatek Budowlane, s. XII.