Obecnie, instytut składa się z dwóch wydziałów: Wydziału Teologicznego i Wydziału Dziennikarstwa Kościelnego. Wydział Teologiczny posiada trzy katedry: teologii, historii biblijnej i tekstologii oraz historii Kościoła i sztuki. Wydział Dziennikarstwa Kościelnego składa się z trzech katedr: Teorii i Praktyki Dziennikarstwa Kościelnego, Publikacji i Redakcji, oraz Filologii Bizantyjskiej i Nowogreckiej.
Reaktywacja instytutu miała miejsce w 1999 roku, co oznacza, że instytucja ta nieprzerwanie kontynuuje swoją misję od tego czasu, pomimo różnych przeszkód historycznych, które musiała pokonać.
Wydziały Czerniowiecki Instytut Teologii Prawosławnej posiada dwa wydziały:
Wydział Teologiczny
Wydział Teologiczny jest jednym z głównych wydziałów Instytutu. Dziekanem wydziału jest protojerej Wiktor Jakimczuk, profesor i doktor nauk teologicznych. Wydział składa się z następujących katedr: