Odmiana compactospora ma tendencję do wykazywania bardziej wyraźnego winnego, fioletowego lub czerwonego koloru na końcach rozgałęzień i ma mniejsze zarodniki o wymiarach 9,2–12,8 na 4–5,4 µm. Gatunki podobne Charakterystyczne cechy koralówki czerwonowierzchołkowej obejmują: duży rozmiar, pomarańczowe, czerwonawe lub purpurowe rozgałęzienia, prążkowane zarodniki o wymiarach średnio 13,8 na 4,7 µm i słabą reakcję amyloidalną tkanki macierzystej. R. rubripermanens ma czerwonawe gałęzie końcowe, podobną sylwetkę i prążkowane zarodniki, ale można go odróżnić od R. botrytis przez znacznie krótsze zarodniki. Inne gatunki, z którymi R. botrytis mogą być mylone, obejmują: koralówkę strojną, która ma gałęzie bardziej różowe niż R. botrytis i żółto zakończone; R. caulifloriformis, występujący w regionie Wielkich Jezior w Stanach Zjednoczonych, którego końcówki rozgałęzień ciemnieją z wiekiem; R. strasseri, który ma żółte do brązowych końcówe; R. rubrievanescens, który ma gałęzie, w których różowy kolor zanika po zerwaniu lub w dojrzałych owocnikach;