W ramach IPN poszukiwaniem, ekshumacjami i identyfikacją ofiar systemów totalitarnych i czystek etnicznych z lat 1917–1989 zajmuje się Biuro Poszukiwań i Identyfikacji, którego częścią jest Wydział Kresowy.
Po stronie ukraińskiej za realizację umowy z 1994 roku odpowiada Państwowa Międzyresortowa Komisja do Spraw Upamiętnień Uczestników Operacji Antyterrorystycznych, Ofiar Wojen i Politycznych Represji oraz ministerstwo kultury.
Metodologia Prace poszukiwawcze i ekshumacyjne poprzedzają badania historyczne: wywiady ze świadkami, kwerendy w archiwach w Polsce i na Ukrainie, zbieranie i analiza dawnych map, fotografii oraz zdjęć lotniczych. Zebrane informacje są weryfikowane na miejscu podczas wizji lokalnych.
Metody wykorzystywane w poszukiwaniu „dołów śmierci” ze szczątkami ofiar zbrodni wołyńskiej:
odwierty sondażowe
wykopy sondażowe
skanowanie gruntu za pomocą georadaru
Ekshumowane szczątki są poddawane analizie antropologicznej, której celem jest ustalenie biologicznej tożsamości zmarłych, przyczyny zgonu, charakteru i mechanizmu powstania zmian urazowych, przebiegu zbrodni, a także rekonstrukcja sposobu postępowania z ciałami ofiar po śmierci.