28 marca 2017 w Lidzbarku Warmińskim przekazał obowiązków dowódcy 9 pułku rozpoznawczego powiedział. Pułkownik Tomasz Łysek to autor koncepcji ćwiczeń taktyczno-specjalnych jednostek rozpoznawczych „DELTA”, zgrywających system rozpoznania Wojsk Lądowych oraz programów szkolenia dla pododdziałów zawodowych SZ RP z zakresu rozpoznania. Jest także autorem założeń programowych kursów specjalistycznych z zakresu rozpoznania dla korpusów szeregowych, podoficerów i oficerów w CSWL, AWL i ASzWoj. Organizator szkoleń i kursów specjalistycznych, wraz z wykładowcami NATO School of Excellence w Oradea (Rumunia), przygotowujących oficerów HUMINT i oficerów sztabowych komórek rozpoznawczych do realizacji zadań w ramach PKW. W latach 2017–2018 był w rezerwie kadrowej Ministra Obrony Narodowej. Od 2019 do 2022 szef Zespołu Łącznikowego w Dowództwie Komponentu Wojsk Specjalnych w Krakowie. W latach 2023–2025 piastował funkcję szefa Zarządu Rozpoznania (J2) oraz Szefa Pionu – Zastępcy Szefa Sztabu ds. Operacyjnych w Dowództwie Komponentu Wojsk Specjalnych w Krakowie. 23 października 2025 objął stanowisko dowódcy 11 Małopolskiej Brygady Obrony Terytorialnej.