Na bazie Zala 421-16E powstały liczne modyfikacje rozszerzające możliwości wersji pierwotnej. W marcu 2020 r. firma Zala poinformowała o opracowaniu wersji Zala 421-16E2 charakteryzującej się wydłużonym czasem lotu oraz zwiększoną gamą przenoszonego wyposażenia dodatkowego. 21 maja 2020 r. poinformowano o skonstruowaniu wersji Zala 421-16EV, łączącej cechy tradycyjnego układu konstrukcyjnego samolotu z dronem wielowirnikowym. W 2021 r. miała miejsce prezentacja wersji Zala 421-16E5, wyposażonej w silnik hybrydowy i dysponującej czasem lotu 12 godzin. Najnowszą wersją jest Zala 421-16ЕМ, która w porównaniu z pierwowzorem ma zmniejszone rozmiary przy zachowaniu dotychczasowego pułapu, zasięgu i masy przenoszonego ładunku.
Konstrukcja Dron Zala 421-16E został zbudowany w układzie latającego skrzydła. Jest wyposażony w system nawigacji GPS/GLONASS oraz magnetometr trójosiowy, co znacznie poprawia koordynację trasy lotu drona oraz doprecyzowuje współrzędne zidentyfikowanych obiektów.