masa ciała 1,8–1,9 kg. Jak wiele innych gatunków z rodzaju Eulemur, mokoki niebieskookie cechuje wyraźny dymorfizm płciowy. Samce mają jednolicie czarną sierść, czasem zabarwioną na brązowo u nasady. Samice zaś są czerwonawo-brązowe, od spodu jeszcze jaśniejsze. Mają łagodniejsze zarysy twarzy. Pysk samicy jest ciemnobrązowy lub szary, natomiast podeszwy dłoni i stóp u obu płci mają podobny ciemny kolor. Obie płcie mają również niebieskie oczy, jako jedne z niewielu naczelnych poza ludźmi. Odcienie niebieskiego mogą być rozmaite – od intensywnego, przez jasny błękit do szaroniebieskiego.
Są dość podobne do lemurii czarnej, można je odróżnić po oczach (tamten ma pomarańczowo-czerwone), braku wydatnych uszu i długich szorstkich włosów na policzkach. W rezerwacie Manongarivo, gdzie zasięg występowania obu gatunków pokrywa się, podobno żyją ich krzyżówki, które jednak zawsze mają pomarańczowe oczy. Zresztą do 2008 roku lemuria niebieskooka była uważana za podgatunek lemurii czarnej (E. macaco flavifrons).