Polska Marynarka Wojenna do operacji dołączyła dopiero na początku 2005. Najczęściej były to okręty podwodne (ORP "Bielik" – trzykrotnie i ORP "Kondor" – raz), których zmiany, w przeciwieństwie do kontyngentów Wojsk Lądowych, były krótsze, bo 3-miesięczne.
Do ich zadań należało: monitorowanie statków i w razie konieczności ich kontrolowanie, zapobieganie przemytowi ludzi i towarów, zapobieganie wspierania terroryzmu.
Ponadto doraźnie, na odmienne i nieregularne okresy, do operacji Active Endeavour włączane były polskie okręty wchodzące w skład Stałych Sił Morskich NATO: ORP "Gen. K. Pułaski" w 2006 (patrolowanie rejonu Kanału Sueskiego w poszukiwaniu statków podejrzanych o wspieranie terroryzmu) i 2008 oraz ORP "Kontradmirał Xawery Czernicki" w 2011 (wzmożenie działań NATO w związku z wojną domową w Libii; okręt nie brał jednak udziału w Operacji Unified Protector).