5 października 1831 roku przeszedł z oddziałem 20-tysięcznej armii granicę z Prusami w okolicach Jastrzębia. Internowany wraz z armią, władzami powstańczymi z ostatnim prezesem Rządu Narodowego Bonawenturą Niemojowskim oraz członkami sejmu i licznymi politykami w zabudowaniach klasztoru franciszkanów w BrodnicyRobert Bielecki „Słownik Biograficzny Oficerów Powstania Listopadowego”, NDAP, AGAD, Wydawnictwo Neriton, Warszawa 1998, s. 46..
Pierwsze małżeństwo
Franciszek Frezer wrócił do Poznania, gdzie 27 sierpnia 1832 roku w parafii św. Marii Magdaleny w Poznaniu zawarł związek małżeński z 43-letnią Katarzyną Elżbietą Szczukową (poprzednio zamężną Pniewską)Informacja z internetowej bazy http://poznan-project.psnc.pl/ Projekt Poznań (Projekt Indeksacji Małżeństw z Wielkopolski z lat 1800–1899) Parafia katolicka Poznań – Św.Maria Magdalena [Posen-St.Magdalene], wpis 48 / 1832 (oryginalny akt w Archiwum Archidiecezjalnym w Poznaniu).. Niedługo cieszył się szczęściem małżeńskim, albowiem jego małżonka umarła w Poznaniu przy ulicy Butelskiej (Woźnej) już 22 maja 1834 roku pozostawiając ruchomy majątek. Frezerowie nie doczekali się dzieckaTeki Dworzaczka 42690 (Poznań – Sw. Maria Magdalena – Fara) 1834.22/5. + G. Katarzyna Jezierska 1-o v. Szczukowa 2-o v. Frezer l. 46, ż. Franc. F. phtisi.