Roczna suma opadów nie przekracza 100 mm.

Fauna thumb|left| rosnąca na terenie rezerwatu (2023) Na obszarze dawnego rezerwatu Badai-Tugai zaobserwowano występowanie 356 gatunków kręgowców, w tym 43 gatunków ryb, 2 gatunków płazów, 29 gatunków gadów, 246 gatunków ptaków oraz 36 gatunków ssaków. Znaczące prace wykonano na rzecz zachowania krytycznie zagrożonego podgatunku jelenia kaszmirskiego – (Cervus hanglu bactrianus) wpisanego na Czerwoną księgę gatunków zagrożonych IUCN i Czerwoną księgę Uzbekistanu. Liczebność jego populacji na tym obszarze wynosiła w 1978 roku jedynie 16 osobników, za to po latach, w 2010 roku – już ponad 600, a w 2014 roku – około 700. W wyniku prac reprodukcyjnych podjętych w tym rezerwacie, współcześnie liczba osobników tego podgatunku w Azji Środkowej liczy 1662 osobników.

Fauna utworzonego w 2011 roku i obejmującego większy obszar Rezerwatu Biosfery Dolnej Amu-darii nie jest jeszcze do końca zbadana we wszystkich trzech jego częściach (strefie ochrony ścisłej, strefie buforowej i strefie przejściowej);