Michalski brał czynny udział w działalności organizacji księgarskich, m.in. od 1938 jako wiceprezes ZG Związku Księgarzy PolskichPSB, XIX, s. 588.Fotografia z posiedzenia ZG ZKP, w: Stefan Dippel, O księgarzach, którzy przeminęli, Wrocław 1976, s. 137., członek zarządu sekcji (od 1926), a następnie członek zarządu (od 1939) Polskiego Towarzystwa Wydawców KsiążekTamże.. Michalski wraz z Trzaską i innymi księgarzami zebrali odpowiednią kwotę na wykup osadzonego w więzieniu na Pawiaku dr. S. Pazyry, prokurenta księgarni OssolineumS. Dippel, O księgarzach, którzy przeminęli, Wrocław 1976, s. 140..
Jan Michalski rozwiedziony z Wandą Zapolską Downar, dokonuje konwersji z wyznania rzymskokatolickiego na ewangelicko-reformowane, by w 1941 roku zawrzeć związek małżeński z Anną z MokrzyckichPSB, XIX, 589.. Małżonkowie zamieszkują w Warszawie przy ul. Smolnej 36, naprzeciwko Gmachu Muzeum Narodowego. W ostatnich dniach powstania warszawskiego ostatnie piętro tej kamienicy, zostało całkowicie spalone wraz z dokumentami i dobytkiemOdręczny List Jana Michalskiego do Władysława Trzaski, data listu mylnie zapisana 31 września, zapewne więc chodziło o 1 października 1944.