W 2000 roku ponownie zdobył z drużyną Puchar Anglii.
Jego gol po 21 sekundach od pojawienia się na boisku w finale Pucharu Zdobywców Pucharów w 1998 przeciwko VfB Stuttgart na stadionie Råsunda w Sztokholmie był jednym z najwspanialszych momentów w jego karierze. Już w drugim kontakcie z piłką otrzymał długie podanie od Dennisa Wise’a i pokonał bramkarza Stuttgartu zapewniając Chelsea wygraną 1:0 i zdobycie pierwszego od 28 lat i drugiego w historii europejskiego pucharu. Jego specjalnością były właśnie niezwykłe bramki. Jednym z najlepszych w historii Premiership rzutów wolnych popisał się Zola w meczu z Tottenhamem w styczniu 2003.
Latem 2003 roku, kiedy pojawiły się plotki o zakupie Chelsea przez zagranicznych inwestorów, Zola opuścił klub ze Stamford Bridge i przeniósł się do klubu Cagliari Calcio. Nowy właściciel klubu Roman Abramowicz próbował odzyskać włoską gwiazdę, jednak działacze z Cagliari mu odmówili. Zola poprowadził klub z Sardynii do awansu do Serie A. Potem przedłużył kontrakt o rok i w czerwcu 2005 rozegrał ostatni mecz w karierze, z Juventusem.
W reprezentacji Włoch Gianfranco Zola rozegrał 35 meczów i zdobył 8 goli. Występował z drużyną na Mistrzostwach Świata w 1994 oraz na Euro 1996.