W ostatnim tygodniu października UEFA zawiesiła Mijailovicia na pięć meczów w europejskich rozgrywkach. Miesiąc później zawodnik przeszedł w klinice w Bochum operację przepukliny pachwinowej. Rehabilitację przechodził jednak w Belgradzie. Trener Okuka stwierdził, że odkąd nie gra Mijailović, Wisła ma we wszystkich meczach problemy ma lewej stronie obrony.
Kolejne kłopoty i pożegnanie z klubem W styczniu 2007 roku Serb popadł w otwarty konflikt z agencją menedżerską. Mijailović chciał zmodyfikować kontrakt, gdyż część jego zarobków przekazywana była na konto tejże agencji. W lutym przeszedł badania, które wykazały, że nie jest gotowy do podjęcia treningów na poziomie pierwszoligowym, dlatego przygotowywał się do rundy w rezerwach, gdzie w sparingach występował na pozycji środkowego pomocnika. Dobra forma spowodowała, że w marcu wrócił do pierwszego zespołu Wisły prowadzonego przez Adama Nawałkę.
Pod koniec kwietnia, na jednym z treningów, Serb zwyzywał Marcina Baszczyńskiego. Obu piłkarzy wezwał do siebie Kazimierz Moskal i nakazał opuścić zajęcia. Wówczas Mijailović rzucił koszulkę treningową na ziemię i pomaszerował w kierunku budynku klubowego. Następnego dnia został odesłany do rezerw.