Kampania prezydencka 2024 3 marca 2023 podczas przemówienia w New Hampshire Kennedy oświadczył, że rozważa kandydowanie z ramienia Partii Demokratycznej na prezydenta Stanów Zjednoczonych w wyborach w 2024. Miesiąc później, 5 kwietnia, zgłosił swoją kandydaturę na kandydata Demokratów w wyścigu prezydenckim. 9 października 2023 roku ogłosił jednak, że będzie kandydatem niezależnym. 23 sierpnia 2024, kiedy sondaże dawały mu około 5% ogólnokrajowego poparcia, ogłosił wycofanie się z wyścigu prezydenckiego i poparcie Donalda Trumpa, wycofując swoje nazwisko z kart do głosowania w około 10 swing states. Wcześniej miał oferować swoje poparcie w zamian za stanowisko w rządzie kandydatce Demokratów, Kamali Harris.
Sekretarz zdrowia mały|265x265px|RFK Jr. w trakcie swojego wiecu poparcia podczas kampanii prezydenckiej w 2024 r. 14 listopada 2024 Kennedy Jr. został nominowany przez Donalda Trumpa jako prezydenta elekta na stanowisko szefa . W styczniu 2025 r. odbyły się jego przesłuchania przez senacką Komisję Finansów i Komisję Zdrowia, Edukacji, Pracy i Emerytur. Komisja Finansów poparła nominację Kennedy’ego stosunkiem głosów 14 do 13. 13 lutego 2025 r. stosunkiem głosów 52–48 jego kandydatura została zatwierdzona przez amerykański Senat.