Rodzaj wari zalicza się obok czterech innych współczesnych rodzajów do rodziny lemurowatych. Pozostałe to prolemur, maki, lemur i lemuria. Rodzaj lemur w przeszłości obejmował również dzisiejsze wari, aczkolwiek w 1978 roku von Hagen przeniósł je do w ogóle innej rodziny indrisowatych, obejmującej sifaki, indrisy i awahi. Późniejsi autorzy nie poparli rzeczonej propozycji. W 1994 roku J. Macedonia i K. Stanger uznali wari za klad siostrzany kladu obejmującego lemurowate (w dzisiejszym rozumieniu pozostałe lemurowate) i indrisowate, opierając się na badaniach komunikacji. K. Stanger-Hall w 1997 roku w ogóle wyłączyła wari z Lemuroidea. Późniejsi autorzy nie wsparli i tego pomysłu, wracając do klasyfikacji wari w rodzinie lemurowatych, w odrębnym rodzaju. Przez dłuższy czas był doń zaliczany pojedynczy gatunek, dzielony na dwa podgatunki. Później uznano każdy z nich za osobny gatunek; drugim prócz wari rudego przedstawicielem tego rodzaju jest wari czarno-biały, za podgatunek którego wcześniej uważano wari rudego.
W obrębie gatunku nie wyróżnia się podgatunków. Opisywano pewną zmienność w umaszczeniu, jednakże nie powiązano jej dotąd z rozmieszczeniem geograficznym.