Obecny kościół zbudowano w latach 1899–1903 nakładem parafian. Parafia była niejednorodna etnicznie, gdyż oprócz ludności polskiej, dużą liczbę tutejszych katolików stanowili Litwini. Wraz z pojawieniem się litewskiej świadomości narodowej, od końca XIX w. kierowano prośby o wprowadzenie w Gierwiatach nabożeństw i śpiewów także w języku litewskim, co zostało spełnione w 1914. Lituanizacje popierali gierwiaccy proboszczowie tego okresu, którymi od początku XX w. byli Litwini. W okresie międzywojennym na tle językowym dochodziło do sporów pomiędzy parafianami obu narodowości. Proboszcz ks. Ambroży Jakowanis 21 kwietnia 1927 został aresztowany przez polskie władze za generowanie konfliktów polsko-litewskich i osadzony na Łukiszkach. Kolejny proboszcz, mianowany w 1928 ks. Daniel Bujwis, odmawiał katechizacji dzieci w języku polskim, wobec czego interweniowały władze kościelne i jeszcze w tym samym roku odwołały go z probostwa. Później proboszczami zostawali Polacy. Od 1932 był nim ks. Stanisław Chodyko. Podczas II wojny światowej staraniem tutejszego wikariusza ks. Jonasa Gilisa powstało w Gierwiatach litewskie progimnazjum.