Zainteresowania naukowe W centrum jego zainteresowań były organizmy określane wówczas jako plechowce. W okresie od pracy magisterskiej do doktorskiej zajmował się głównie biologią owadomorkowców. Są to grzyby pasożytujące na owadach i roztoczach, więc część z jego prac miała potencjał zastosowania w zwalczaniu szkodników upraw, np. szarańczy (nadobnik włoski), ale jego głównym osiągnięciem była nowa klasyfikacja tej grupy. Następnie jego zainteresowania przeniosły się na grzyby wodne. Efektem tego była m.in. publikacja podręcznika Zarys hydromikologii. Opisał naukowo kilka nowych gatunków, w tym Nellymyces megaceros i pasożytujące na nim Rozellopsis uliginosa, należące do lęgniowców, a więc w późniejszych systemach taksonomicznych nieuznawane za grzyby. Jest też autorem rodzajów owadomorków: Entomophaga, Zoophthora, Strongwellsea, Erynia, Furia i Pandora. Zajmował się również fykologią, zwłaszcza systematyką toczkowców, przy czym w tej dziedzinie w większej mierze zajmował się nie tyle własnymi badaniami, ile wspieraniem swoich uczniów, tworząc warszawskie środowisko fykologiczne. Kolejnym jego zainteresowaniem była taksonomia numeryczna i wykorzystanie technik informatycznych w oznaczaniu roślin i grzybów, w czym był w Polsce prekursorem. Był współtwórcą programów komputerowych TAXAL i THAMNOS.