Archiwum umieszczono w Orsku, potem w Siedliskach, w 1658 roku przewieziono do Brzegu, by ostatecznie przenieść je do Wrocławia. Tu w 1717 roku pisarz Jednoty Christian Sitkowski uporządkował zgromadzone materiały dzieląc je na 39 fascykułów.
W 1720 roku część zbiorów przewieziono do Leszna, reszta roku została przewieziona do Berlina, gdzie Daniel Ernest Jabłoński na ich podstawie napisał monografię ugody sandomierskiej. Do Leszna wróciły w 1741 roku.
Do początku XIX wieku archiwum przetrwało w dobrym stanie, chronione przed nawiedzającymi miasto pożarami. Powiększało swoje zbiory, przejmując dokumenty z likwidowanych gmin oraz spadków po duchownych i świeckich członkach wspólnoty.
Po 1817 roku zarząd na archiwum przejął pastor i rada kościoła św. Jana w Lesznie. Niestety nie dbali oni o zachowanie w całości zgromadzonych materiałów. W latach 30. XIX wieku wypożyczono dokumenty Józefowi Łukaszewiczowi, który potrzebował ich między innymi do napisania książki O kościołach braci czeskich w dawnej Wielkiejpolsce. Nie wróciły one do Leszna, ale zostały przez Łukaszewicza przekazane do Biblioteki Raczyńskich w Poznaniu. Tam je oprawiono i przechowywano w 19 tomach.