Już po zakończeniu prac nad budynkiem Maria Nikołajewna zaprosiła malarza Grigorija Gagarina, by wykonał nową dekorację malarską w prywatnej pałacowej cerkwi św. Mikołaja, którą uznała za nazbyt skromną.
Osiem lat po śmierci Marii Nikołajewny, w 1884 r., jej spadkobiercy sprzedali Pałac Maryjski państwu rosyjskiemu za 3 mln rubli. W końcu XIX w. stał się on siedzibą Kancelarii Państwowej, Komitetu Ministrów, Rady Państwa, a także kancelarii przyjmującej prośby kierowane bezpośrednio do cara. 7 maja 1901 r. w rotundowej sali pałacu odbyło się uroczyste posiedzenie Rady Państwa, które Ilja Riepin uwiecznił na obrazie.
W latach 1906–1907 pałacowy ogród zimowy został przebudowany na nową salę posiedzeń Rady Państwa, która zyskała nowe kompetencje, a dotychczasowe pomieszczenia przestały być dla niej wystarczające. Autorem projektu tej przebudowy był Leontij Benois.