W 1989 r. w związku z sukcesami klubu powstała słynna piosenka Napoli Forza Napoli wykonywana wielokrotnie przez piosenkarza Nino d’Angelo przy chórze włoskich kibiców. Z odejściem Maradony w 1991 r. zespół powoli schodził z piedestału włoskiej piłki. W 1998 r. Napoli spadło do Serie B, aby ponownie powrócić do Serie A na jeden sezon w 2000 r. Kolejny spadek nie był jednak najgorszym, co przytrafiło się klubowi. Z długami przekraczającymi 70 mln euro SSC Napoli musiało ogłosić bankructwo w sierpniu 2004 r. Nowy klub, Napoli Soccer, to kontynuator tradycji zespołu, który mógł całkowicie zniknąć z piłkarskiej mapy Włoch. Dzięki inwestorom i wiernym kibicom, którzy w niesamowitych ilościach przychodzili na mecze 3. ligi, klub dostał szansę odzyskać dawną reputację. W sezonie 2005/06 zespół awansował do Serie B, a rok później awansował do najwyższej włoskiej klasy rozgrywkowej po bezbramkowym remisie z innym beniaminkiem Serie A sezonu 2007/08 – Genoa CFC. W 2012 r. po raz czwarty zdobył Puchar Włoch. W sezonie 2012/13 Napoli zajęło drugie miejsce w lidze. Królem strzelców został Urugwajczyk Edinson Cavani, który zaliczył 29 trafień. Po zakończeniu sezonu ze stanowiska trenera odszedł Walter Mazzarri, a jego miejsce zajął Hiszpan Rafael Benítez.