Stół gry i wiatrownice połączone są kablami umieszczonymi pod posadzką bazyliki. Dodatkowo tego typu traktura pozwoliła na zastosowanie ruchomych stołów gry.
Z poprzednich organów bocznych pozostawiono szafę barokową oraz piszczałki w prospekcie: Oktawbas 8' oraz inne, dziś nie podłączone. Poza tym wszystkie głosy organów bocznych są nowe: piszczałki były wykonane w Kobyłce koło Warszawy, w firmie Chaciński Jan. Piszczałki głosu Oktawbas 8', umieszczonego w prospekcie, mają poszarpane końcówki. Dawniej nie stosowano bowiem dostroików, a długość korpusu piszczałki zmieniano poprzez rozrywanie, spłaszczanie lub deformowanie górnego końca korpusu. Reszta najmniejszych piszczałek w prospekcie to nowe piszczałki zrobione dokładnie na wzór starych, wykonane w 2005 roku przez firmę Chaciński Jan. Organmistrz Roman Raźniak zadecydował, że poprzednie piszczałki były bardzo zniszczone i z uwagi na bardzo cienkie średnice, nie nadawały się do wyprostowania.