W 2005 roku Vachss, wydał powieść Two Trains Running, której akcja rozgrywała się w całości w ciągu dwóch tygodni w 1959 roku, krytycznym okresie w historii Ameryki. Pod względem formy książka prezentuje się jako dzieło złożone z całości z transkrybowanych taśm z monitoringu, podobnie do filmu kolażowego zbudowanego wyłącznie z materiału filmowego z jednego źródła. Jego powieść z 2009 roku, Haiku, koncentruje się na niespokojnym życiu grupy bezdomnych mężczyzn w Nowym Jorku, starających się nawiązać ze sobą więź i chronić siebie nawzajem. W 2010 roku Vachss, opublikował dwie książki: jego powieść The Weight to romans noir z udziałem zawodowego złodzieja i ukrywającej się młodej wdowy. Heart Transplant, ilustrowana powieść w eksperymentalnym stylu, opowiada historię maltretowanego i zastraszanego młodego chłopca, który odnajduje swoją wewnętrzną siłę z pomocą nieoczekiwanego mentora. That’s How I Roll, wydana w 2012 roku, jest kroniką śmierci płatnego zabójcy, który ujawnia sekrety swojej przeszłości, zarówno przerażające, jak i czułe.
Vachss współpracował przy książkach z Jimem Colbertem i Joe R. Lansdalem. Stworzył także ilustrowane prace z artystami takimi jak Frank Caruso i Geof Darrow.