Gdy Nowa Marchia została sprzedana przez Krzyżaków Brandenburgii w 1454 roku, fortyfikacja na skutek zmiany granicy straciła na znaczeniu militarnym i stała się siedzibą szlachecką. Pomimo utraty Santoka Polska aż do rozbiorów zachowała tytuł kasztelanów santockich (w latach 1231–1793 było ich 61).

Po powodzi w XVIII wieku miejscowość przeniesiono na północny wyższy brzeg rzeki.

W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Santok. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa gorzowskiego, a wcześniej w latach 1950–1975 do województwa zielonogórskiego.

Kalendarium VII – VIII w. – pierwszy gród otoczony palisadą, poł. X w. – zniszczenie grodu w czasie walk Mieszka I z Pomorzanami, X w. – wzniesiono potężne obwarowania rusztowo-skrzyniowe, X – XI w. – powstaje umocnione podgrodzie, XI w. – na prawym brzegu Noteci Pomorzanie wznoszą gródek z fosą, 1097 – pierwsza wzmianka o Santoku w roczniku kapituły gnieźnieńskiej, XII w.