W maju 2018 doszło do kolejnej próby wykluczenia go z partii, jednak wniosek został odrzucony przez sąd partyjny. Podczas zjazdu partii w październiku 2018 pomimo oporu umiarkowanego skrzydła partii, tzw. Alternative Mitte” jako lider skrajno-najonalistycznego skrzydła tzw. Der Flügel został wybrany liderem list AfD w wyborach do landtagu Turyngii w 2019. Po zdobyciu w tych wyborach drugiego miejsca z wynikiem 23,4% głosów znacząco wzrosła jego pozycja wewnątrz partii i w 2019 pierwszy raz w zarządzie krajowym partii znalazł się przedstawiciel „Der Flügel”.
Podczas zjazdu partii w czerwcu 2022 doszło do zmian w zarządzie krajowym, w wyniku których 2/3 zarządu partii składa się z byłych przedstawicieli formalnie rozwiązanego w 2022 „Der Flügel”. Ludzie związani z „Der Flügel” mają również większość w sądzie partyjnym. Od tego czasu Höcke jest uznawany za najbardziej wpływowego polityka i „prawdziwego szefa” AfD.
Poglądy polityczne i kontrowersje Wypowiedzi Höcke często budzą kontrowersje ze względu na zawarte w nich elementy rasizmu, islamofobii, antysemityzmu, rewizjonizmu, homofobii oraz używanie w nich elementów języka narodowego socjalizmu.
W 2006 r. opublikował artykuł, w którym stwierdził, że „w historii świata nigdy nie zabito tylu ludzi w tak krótkim czasie jak podczas bombardowania Drezna w 1945”.