Władze hitlerowskie wytoczyły całej piątce kapłanów proces o łamanie ustawy Heimtückegesetz (ustawa przeciw złośliwemu oczernianiu). Sąd Specjalny w Braniewie skazał go w marcu 1941 roku na 2 i pół roku więzieniaUlrich Fox Der Prozess gegen den Domkapitular Josef Steinki und vier weitere Priester im Jahre 1941 w: ZGAE 51 2005, s. 118. Karę odbywał w Zakładzie Karnym w Sztumie. Traktowanie jego w więzieniu było łagodne, najbardziej doskwierał mu głód. Ze względu na jego doświadczenie w zarządzaniu i finansach, skierowano go w więzieniu do pracy w dziale administracji. W trakcie odbywania kary kierownik więzienia sugerował mu kilkukrotnie, aby napisał prośbę o ułaskawienie, lecz Weichsel nie zamierzał pertraktować z nazistami. Odpowiadał nic od nich nie chcę, nawet jednego dnia w prezencieIch will von denen nichts, auch nichts einen Tag geschenkt haben [w:] Ihr Name lebt: Ermländische Priester in Leben, Leid und Tod, s. 257. Po zakończeniu kary więzienia gestapo dodatkowo ograniczyło mu swobodę przemieszczania się – miał zakaz przebywania na terenie powiatów: Braniewo, Mamonowo i Lidzbark WarmińskiIhr Name lebt: Ermländische Priester in Leben, Leid und Tod, 1958 von Bruno Schwark, s. 257.