Następnie przeniosła się do Wrocławia, gdzie zamieszkała w domu inż. B. Monne przy ul. Kurkowej 25b/2. Zaczęła pracować w Oddziale CUPP jako sekretarka. Korzystając z pomocy współpracującej z konspiracją lwowską, byłą łączniczką Wydziału Vk Komendy Obszaru Lwów AK, dr Krystyną Żurowską „Alą” vel „Mrau” (?), lekarzem ze Słupska (później również aresztowaną), od sierpnia 1947 wspólnie z Janem Brodziszem przygotowywała się do ucieczki drogą morską na Zachód.
27 września 1947 we Wrocławiu w wyniku dekonspiracji komórki legalizacyjnej została aresztowana razem z mężem przez funkcjonariuszy sekcji II Wydziału III Wojewódzkiego urzędu bezpieczeństwa publicznego, a rewizję osobistą przeprowadził chorąży Marian Sobieraj. 30 września złożyła pisemne oświadczenie: W tym samym oświadczeniu zobowiązała się do nawiązania kontaktu z Komendą Okręgu „tak, aby doszło do ujawnienia się całkowitego naszych członków obszaru krakowskiego WiN (chodziło o Okręg Lwowski) pozostających dotychczas jeszcze w konspiracji, aby nie byli aresztowani i żeby ci, którzy są aresztowani w tej sprawie otrzymali wolność”. Sankcję wystawił ppłk Antoni Lachowicz. Emilię przesłuchiwali: chor. Tadeusz Łabuda, ref. Antoni Rowecki, chor. Jerzy Banaszek, ref. Kazimierz Cichy, sierż. Roman Świniarski, ppor. Jan Orzeszyna, chor. Józef Strzemiński oraz chor.