Organy wschodnie Organy wschodnie umieszczone są w dwóch bliźniaczych szafach, we wschodnim skrzydle transeptu, na emporze nad Kruchtą Czterech Ewangelistów. Posiadają 8 głosów, klapowo-zasuwowe wiatrownice oraz elektryczną trakturę gry i rejestrów. W lewej szafie znajdują się piszczałki diatoniczne od C, w prawej – chromatyczne od Cis. Organy wschodnie posiadają dwa charakterystyczne dla budownictwa hiszpańskiego głosy – trąbki hiszpańskie: Tuba Magna oraz Tuba Mirabillis. Są to głosy języczkowe z poziomymi, wystającymi poza obrys szafy rezonatorami w formie wąskich lejków. Stosunkowo niewielkie gabaryty organów wschodnich są w warstwie dynamiki dźwięku zrekompensowane wysokim ciśnieniem powietrza, równoważąc dynamikę organów zachodnich. Stylistyką brzmieniową nawiązują do XIX-wiecznego hiszpańskiego budownictwa organowego.
Dyspozycja organów wschodnich: Gedeckt 8′ Diapason 8′ Prestant 4′ Oktawa 2′ Cymbel III–IV Tuba Magna 16′ Tuba Mirabillis 8′ Clairon [harmonic] 4′Ciśnienie powietrza: 125 mm słupa wody