Boehm musiał opuścić Sieglar i czekać, aż wikariusz generalny przydzieli mu nowe stanowisko.

Nowa parafia i męczeństwo W 1938 roku Boehm objął stanowisko proboszcza w parafii Monheim am Rhein (rejencja Düsseldorf). W swojej pracy kapłańskiej nadal stawiał opór reżimowi nazistowskiemu. Wielokrotnie przeciwstawiał nasilającą się eskalację wersetowi biblijnemu: „Oni wszyscy to nieme psy, niezdolne do szczekania” (). Z 450-stronicowych akt gestapo wynika, że ​​w 1941 roku otrzymał ostrzeżenie za oddawanie czci w języku polskimWielkie wyróżnienie dla proboszcza parafii Franza Boehma w jego rodzinnym mieście Boleszyn/Polska. Strona internetowa parafii katolickiej Monheim.. W 1942 roku został ukarany grzywną w wysokości 3000 marek za głoszenie ewangelii o Chrystusie Królu. W swoim kazaniu z 25 października Boehm stwierdził, że na ziemi nie ma królestw tysiącletnich, ponieważ jest tylko jedno królestwo, które przetrwa tak długo, a mianowicie królestwo Jezusa Chrystusa, które będzie trwać wiecznie. Naziści uznali to za naruszenie ustawy o stabilizacji sił zbrojnych. Zwykle za taki zarzut groziła kara śmierci. Sędziowie ograniczyli jednak zarzut do skazania za „antypaństwowe wypowiedzi”. Na Wielkanoc 1944 roku wygłosił kazanie przeciwko nazistowskiemu przemysłowi filmowemu, co doprowadziło do jego aresztowania.