Aktualna kaplica Pierwszy kamień pod nową kaplicę położył w sierpniu 1764 (lub 1761(s. 458)) ks. Mikiel Ġiocomo Tortella, proboszcz parafii Mqabba(s. 456). Pod nim umieszczono relikwie św. Kandyda, św. Agnieszki i św. Kolumby wraz z medalionem z wizerunkami św. Piotra i św. Pawła. Fundatorem kaplicy był Ġanni (Ġiovanni) Schembri(s. 458). W Wielkanoc 1774 kaplica, za zezwoleniem ówczesnego biskupa Giovanniego Pellerano została poświęcona przez wspomnianego ks. Tortellę i otrzymała wezwanie św. Katarzyny i św. Piotra.
Do lat 40. XX wieku kaplica była normalnie używana do celów religijnych – poza regularnym odprawianiem mszy świętych, oprócz stałych świąt kościelnych (Wielkanoc, Boże Narodzenie i in.), również uroczyście obchodzono święta patronów świątyni – św. Katarzyny i św. Piotra, a także św. Jana Ewangelisty.
Podczas II wojny światowej w kaplicy składowano różne dekoracje kościelne z zawalonego w wyniku nalotów kościoła parafialnego.