Po likwidacji polskiego ośrodka w Grenoble przeniosła się do Biviers, a do Paryża wróciła w połowie 1944, gdzie zaangażowała się wraz z zespołem biblioteki w odbudowę Biblioteki Polskiej.

Fiszer należała ponadto do grona propagatorów myśli filozoficznej księdza Augustyna Jakubisiaka. Współpracowała przy jego czasopiśmie „La pensée antitotalitaire. Organe de la défense de l’individu”, do którego pisała artykuły. W 1945 po śmierci Jakubisiaka, zaangażowała się w wydawanie jego spuścizny oraz była członkinią Komitetu Wydawniczego Dzieł Księdza Augustyna Jakubisiaka. Dzięki jej zaangażowaniu ukazały się 3 tomy jego prac pozostawionych w rękopisie.

Życie prywatne Jej rodzina wywodziła się ze Strasburga i była wyznania ewangelicko-augsburskiego. Jej ojciec – Ludwik Fiszer – był księgarzem oraz właścicielem firmy księgarsko-wydawniczej. Jej matką była Melania z domu Miks. Para miała sześcioro dzieci: Melanię Emilię, Emilię Hildę, Ludwika Adama, Stefanię Frydę, Alicję Janinę oraz Kazimierza Oskara.

Emilia Fiszer zmarła w swoim służbowym mieszkaniu w Bibliotece Polskiej w Paryżu.