Worki 180–230 × 17–20 µm, cylindryczne, o podstawie lekko zwężającej się, dość cienkościenne, nierozszczepione, wierzchołek ścięty z wieczkowatym pogrubieniem, które silnie barwi się w odczynniku Melzera, dekstrynoidalne w młodym wieku, 8 zarodnikowe. Askospory (15–) 16–18 × 8–10 µm, elipsoidalne, dość grubościenne, szkliste, bez przegród, gładkie, bez epispory, galaretowatej otoczki i przydatków. Anamorfa Jako zredukowany typ Oedocephalum. Konidia holoblastyczne, osadzone na często zakrzywionych lub wystających konidioforach, elipsoidalne, wrzecionowato-elipsoidalne lub jajowate, bez przegód, początkowo gładkie i szkliste, w stanie dojrzałym złotobrązowe i szorstkie z dużymi brodawkami. Gatunki podobne Jest wiele podobnych morfologicznie kustrzebek. Ich rozróżnienie tylko na podstawie cech makroskopowych jest niemożliwe i konieczne są badania mikroskopowe. Kustrzebkę piaskową jednakże można odróżnić makroskopowo po jej siedlisku i długim trzonie oraz faktowi, że często tworzy gwiazdowate owocniki podobne do Geastrum.