Klęska pod Narwą i wydalenie z partii Był przeciwny zawarciu traktatu brzeskiego. Obok lewicowego eserowca Isaaka Sztejnberga, ludowego komisarza sprawiedliwości, najgłośniej opowiadał się za wojną rewolucyjną. Po rozpoczęciu ofensywy wojsk niemieckich w 1918 r. wezwał część okrętów znajdujących się na Bałtyku do podjęcia działań obronnych, inne zaś do wycofania się do Piotrogrodu i Kronsztadu. Jego rozkaz, by podjąć walkę z wojskami szwedzkimi, które wylądowały na Wyspach Alandzkich, został jednak odrzucony. 23 lutego 1918 r. Dybienko na czele sformowanego przez siebie oddziału 1600 marynarzy Floty Bałtyckiej został oddelegowany do zatrzymania ofensywy wojsk niemieckich na Narwie, naturalnej linii obrony Piotrogrodu. Następnie miał przejść do kontrofensywy i odzyskać całą gubernię estońską, w tym Rewel (Tallinn). 28 lutego Niemcy, wykorzystując linie kolejowe, dotarli w okolice miasta Narwy. Marynarze stoczyli z nimi bitwę na zachód od miasta, po czym wycofali się. Dybienko wraz ze sztabem uciekł w panice do Jamburga. Odmówił wykonania rozkazu Parskiego, dowódcy miejscowych sił czerwonych, by wrócić i bronić miasta. Narwa została opanowana przez Niemców..