Joseph John Thomson, znany także jako J.J. Thomson (ur. 18 grudnia 1856 w Manchesterze, zm. 30 sierpnia 1940 w Cambridge) – angielski fizyk związany z Laboratorium Cavendisha w University of Cambridge. W 1906 r. otrzymał Nagrodę Nobla w dziedzinie fizyki „w uznaniu zasług za teoretyczne i eksperymentalne badania nad przewodnictwem elektrycznym gazów”, które doprowadziły do odkrycia elektronu.
Życiorys Ojciec Josepha był księgarzem i wydawcą. W latach chłopięcych Joseph posiadał mikroskop i umiał się nim posługiwać, co skierowało jego zainteresowanie ku badaniom naukowym.
Mając 14 lat wstąpił do Owens College w Manchesterze (późniejszy uniwersytet). Prowadził prace z dziedziny elektrostatyki. W roku 1876 rozpoczął studia w Trinity College na Uniwersytecie Cambridge, zaś po ich ukończeniu pozostał związany z uniwersytetem już do końca życia. Pracował jako profesor na Uniwersytecie Cambridge od 1884 roku.
Praca na Uniwersytecie Cambridge thumb|W prawym dolnym rogu zdjęcia ślady dwóch izotopów neonu: neon-20 i neon-22 Pierwsze lata pobytu w Cambridge poświęcił na studia matematyki czystej i stosowanej, opublikował kilka prac z tej dziedziny.