Czystość wód i ochrona środowiska W oparciu o badania przeprowadzone w 1993 i 1999 roku wody jeziora zaliczono do II klasy czystości. Od początku lat 80. jezioro nie przyjmuje ścieków z otaczających go ośrodków wczasowych, przed tą datą zanieczyszczanie jeziora w okresie letnim było normą i powodowało zamykanie kąpielisk z powodu skażenia bakteriologicznego. Badania Jeziora Głębokiego prowadzone do 2013 roku wskazywały, że akwen jest jednym z najczystszych jezior Pojezierza Lubuskiego. Wartości wskaźników biogennych oraz stężenia chlorofilu a nie przekraczały wartości dopuszczalnych określonych dla I klasy. Stwierdzono zarówno dobry stan chemiczny jak i biologiczny, na zbiorniku nie obserwowano zakwitów fitoplanktonu. Duża przeźroczystość wód sprawia, że jest ono atrakcyjne pod względem turystyczno-rekreacyjnym. Badania z 2018 roku zaliczyły wody jeziora do I klasy jakości, a przeźroczystość wynosiła 5,7 metra.