Wśród traw morskich dominują reprezentujące rodzaj Syringodium oraz gatunek Thalassia testudinum.
Na wyspach rosną również m.in.: Sesuvium portulacastrum, Sporobolus pyramidatus, Cenchrus echinatus, Batis maritima, Tournefortia gnaphalodes, Setaria submacrostachya oraz kaktusy Stenocereus griseus, Melocactus caesius i Opuntia wentiana.
Fauna W parku występuje około 61 gatunków koralowców, 200 gatunków skorupiaków, 140 gatunków mięczaków, 45 gatunków szkarłupni, 60 gatunków gąbek i 280 gatunków ryb.
Jedynym ssakiem żyjącym na lądzie jest nietoperz rybak nocny. W morzu często można zobaczyć delfiny zwyczajne.
W parku odnotowano 92 gatunki ptaków, w tym 6 podgatunków endemicznych. Są to Coereba flaverola lowii, Columbina passerina tortuguensis, Myiarchus tyrannulus brevipennis, Sublegatus modestus pallens, Vireo altiloquus bonairensis i Dendroica petechia obscura. Inne ptaki występujące w parku to m.in.: pelikan brunatny, głuptak czerwononogi, głuptak białobrzuchy, mewa karaibska, rybitwa rzeczna, rybołówka brunatna, rybitwa czubata, flaming karmazynowy i kormoran oliwkowy.